Евгений Пеньковой является руководителем Медицинского научного центра Института Экспериментальной Медицины (ИЭМ) и одновременно заведующим стоматологическим отделением данного учреждения. Окончил факультет стоматологии и медицинских технологий Санкт-Петербургского государственного университета, позже интернатуру, ординатуру ("Терапевтическая стоматология») и аспирантуру того же ВУЗа.
В 2014 году получил первичную специализацию по специальности «Хирургическая стоматология» в Северо-Западном государственном медицинском университете им. И.И. Мечникова.